Depois de pesquisar um pouco encontrei a solução para o problema:
- Recrie a pasta Desktop (ou com o nome que você quiser), dentro da pasta home.
- Edite o arquivo ~/.config/user-dirs.dirs
- O Conteúdo desse arquivo é parecido com:
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/"
XDG_DOWNLOAD_DIR="$HOME/"
XDG_TEMPLATES_DIR="$HOME/"
XDG_PUBLICSHARE_DIR="$HOME/"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME/Documentos"
XDG_MUSIC_DIR="$HOME/Músicas"
XDG_PICTURES_DIR="$HOME/Imagens"
XDG_VIDEOS_DIR="$HOME/Vídeos"
- Modifique a primeira linha para:
XDG_DESKTOP_DIR="$HOME/Desktop"
- Execute o programa gconf-editor.
- Naveque através de "/apps/nautilus/preferences" e desmarque as chaves "desktop_is_home_dir" e "show_desktop" e marque a chave "show_desktop" novamente.