aspell -t -c arquivo.tex --encoding=utf-8 --lang=pt_BR
O encoding pode ser modificado de acordo com a codificação do seu arquivo tex. O Ubuntu usa por padrão a codificação utf-8 para todos os arquivos.
Dicas sobre linux, instalação de programas, configurações, etc
aspell -t -c arquivo.tex --encoding=utf-8 --lang=pt_BR
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